Dalam aspek dakwah, Ditjen Pesantren akan memastikan peran strategis pesantren dalam menyebarkan ajaran Islam yang moderat dan toleran. Dengan adanya direktorat khusus ini, diharapkan perhatian dan dukungan pemerintah terhadap pesantren menjadi lebih terarah, efektif, dan sesuai dengan karakteristik unik dari lembaga pendidikan khas Indonesia tersebut.